财务尽职调查在履行调查流程时与财务报表审计在执行审计流程时存在很大差异，主要体现在以下方面。
(一)目的：财务尽职审查通常基于历史财务信息分析目标公司的可持续财务状况和盈利能力，但并不能确保历史财务信息的真实和公正性。
(二)范围)财务尽职审查通常结合财务和非财务信息，通过分析目标公司的运营历史数据、行业竞争力、业务环境等，对潜在的财务影响进行多方面的综合评价，而不局限于历史财务信息。
(三)方法：财务尽职审查通常根据委托双方确定的原则进行调查。 如果委托人没有特别的要求，通常不需要系统测试、会计证书的审查、通信证书的执行。
(四)资料：财务尽职调查通常根据与委托人及目标公司的沟通结果，决定调查员要求的尽职调查资料。
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